Nachází se v západní části obce a spolu s věží tvoří historický základ obce. Kdy a kdo jej postavil, není přesně známo. Předpokládá se, že se tak stalo v průběhu 14. století, kdy Černčice měli v držení páni z rodů Kouniců z Talmberka. Bývalo tehdy dost časté, že v blízkosti svých sídel si drobná šlechta stavěla kaple či kostely a obsazovala je, po dohodě s církví, svými kněžími. Z církevních dokladů té doby vyplývá, že i v Černčicích bývala fara. První známý kněz je uváděn v r. 1355 plebán Dobřemil. Fara údajně stávala v nynějším školním sadě. Zánik farnosti černčické se datuje kolem roku 1500, kdy Jan Černčický z Kácova odešel na své nové sídlo do Nového Města, do Hradiště nad Metují. Od té doby přešly Černčice pod farnost bohuslavickou.
Kostel je postaven v gotickém slohu, jehož prvky jsou patrné na vstupním portálu, oknech a klenbě presbytáře. Během času byl kostel různě opravován až do dnešní podoby. V roce 1580 byl odstraněn původní dřevěný strop z barevně zdobených tabulí a nahrazen cihelnou klenbou s omítkou. Současně byla provedena vestavba empory (kruchty) na pískovcových pilířích. V roce 1617 byla přistavěna na východní straně kostela sakristie. Kolem roku 1744 byl kostel vyrabován pruským vojskem. Roku 1846, kdy došlo k opětovnému obnovení, byl zrušen a zazděn postranní vstup do kostela a zřízen vstup nový, přes sakristii. Rovněž byla na jihozápadní straně zbourána stará síňka a postavena nová se schodištěm pro vstup na kruchtu. Také šindelová krytina kostela byla vyměněna za taškovou. V roce 1907 byla střecha kostela doplněna o sankustník (věžičku) se zvonkem. Tento zvonek byl v době II. světové války sejmut a ukryt. Až v květnu 1970 byl nalezen p. Josefem Ježkem v krmelci pro zvěř „Ve stráni“. V roce 1907 byla také provedena barevná okna a na kruchtu pořízeny nové varhany.
Vnitřní zařízení kostela sestává z hlavního oltáře z roku 1874 (viz foto) s obrazem sv. Jakuba. Autorem tohoto obrazu je Josef Šichan, rodák z Černčic z čp. 23. Dále jsou zde dva oltáře postranní. Žďárkův a Čečetkův, nazvané po místních rodinách, které na jejich zřízení přispěly. Nalevo od oltáře je dřevěná kazatelna se schůdky. Kostelní lavice jsou umístěny ve dvou řadách, darovaných rodinou Štěpánovou z Osíčka při rekonstrukci v roce 1907. Na levé straně presbytáře je ve zdi pískovcový sanktuář (výklenek), který původně sloužil pro uložení obřadních předmětů.
Dalším vybavením kostela je cínová křtitelnice na trojnožce z r. 1585 s nápisem: „Jdouce na tento svět, kažte evangelium všemu tvorstvu. Kdo uvěří a pokřtí se, spasen bude, kdo neuvěří, zatracen bude.“ Na víku je dále uvedeno: „Udělána ode mne Mikuláše Beránka, konváře, za rychtáře Jana Ždiarka a za Jana Bakše kostelníka a Vítka Ždiarka kostelníka.“
Zajímavým architektonickým prvkem v kostele je také kamenný závorník klenby nad presbytářem se znakem dvou leken, jaký měly ve svém erbu rody Kouniců, Talmberků a dále potom Černčičtí z Kácova. Interiér kostela má kromě drobných plastik i obrazovou výzdobu. Je to původní oltářní obraz z roku 1663, dále obraz sv. Jakuba z r. 1874, již výše zmiňovaný, soubor obrazů křížové cesty. V presbytáři se nachází hrobka, v níž by dle údajů ze Žďárkovy tabule (dnes v majetku Plašilových čp. 70) měli být pohřbeni dva černčičtí rychtáři ze Žďárkova rodu. Dle záznamu v obecní kronice na str. 37 byly při opravě kostela v r. 1907 objeveny na stěně malby s husitskou symbolikou – s kalichem. Z toho vyplývá, že v minulosti býval tento kostel nekatolický.
Další rekonstrukce kostela, při které byla zrekonstruována zchátralá střecha a částečně i věžička kostela, proběhla v roce 1995, v r. 2006 rekonstrukce kostelních oken, r. 2010 kompletní vnější omítka včetně všech nátěrů nákladem obce Černčice.
Mezi kostelem a věží se nachází místní hřbitov. Je velmi pravděpodobné, že byl založen současně s kostelem, tj. ve 14. století. Jeho plocha je cca 1400 m2. Slouží jako místo posledního odpočinku jak pro místní občany, tak i pro sousedy z Vršovky. V minulosti kapacitně nepostačoval, proto byl v r. 1907 na severní straně asi o 5 m rozšířen. Rovněž bylo provedeno i nové oplocení. V současné době je zde umístěno asi 267 hrobů, včetně pěti větších hrobek. Např. Žďárkova, Kavalírova, Štěpánova aj. Areál hřbitova je celý oplocen a přístup na něj je z volného prostranství před věží. Při vstupu na hřbitov je na levé straně kříž kamenný z r. 1903 tzv. Žďárkův, s deskou a citátem z bible: „Já jsem pastýř dobrý. Dobrý pastýř dává život svůj za ovce své, Jan X-10.“
Na zdejším hřbitově se nachází mimo jiné také hrob rodiny Slabých čp. 27. Zde je pohřben významný černčický rodák generál Josef Slabý, nar. 1914, který po okupaci ČSR v roce 1939 odešel do ciziny, aby tam mohl bojovat za osvobození naší vlasti. Jeho rodný dům se nachází v těsné blízkosti hřbitova. Za kostelem můžeme nalézt bývalou márnici, která již dlouhá léta svému původnímu účelu neslouží. Na její severní zdi je zazděn barokní kamenný portál s hlavami andělů. Odkud tento portál pochází, není známo. V šedesátých letech 20. století bylo k tomuto objektu přistavěno jednoduché sociální zařízení.
